Rainford Hugh Perry rođen je 20. ožujka, 1936. u Kendalu, na Jamajci. Rane godine njegovog života slične su kao i kod mnogih jamajkanskih glazbenika; rođen je siromašan u malom selu, rano je stekao reputaciju pametnjakovića, došao je u Kingston '50-ih, slušao glazbu i učio zanat. Njegov prvi posao bio je s pionirom glazbene produkcije Clement "Coxsone" Doddom u kasnije čuvenom Studio One, gdje je radio kao pomoćnik, lovac na talente, nepriznati tekstopisac, aranžer i povremeno izvođač. Perry je snimio svoju prvu pjesmu "Old For New" 1959. godine, a pjesma "Chicken Scratch" mu je bila prvi hit 1965. godine.

Godine 1966. Perry iznerviran zbog odbijanja Coxsona da mu plati, odlazi kod producenta Joe Gibbsa, gdje snima "I Am The Upsetter", kao upozorenje svima koji ga pokušaju prevariti. Gibbs mu 1967. godine daje da za njega vodi novu Amalgamated izdavačku kuću. Perry je producirao niz hitova za Gibbsa, među kojima je i "Long Shot" grupe The Pioneers, prva pjesma koja je koristila novi ritam u jamajkanskoj glazbi, kasnije nazvan reggae. Međutim, dolazi do razlaza između njega i Gibbsa, Lee Perry ga napušta posvećujući mu uvredljivu pjesmu "People Funny Boy". Perry 1968. godine konačno shvaća da ne može surađivati s drugim producentima, a da pritom ne dođe do sukoba te odlučuje dalje raditi sam. Najprije je skupio prateći bend i nazvao ga po svom trenutnom nadimku i imenu kuće The Upsetters. U početku su snimali nasilne, jezive instrumentale, kao što su "Kill Them All", "The Vampire", "Dig Your Grave", "Return Of Django". Otvorio je i svoju prodavnicu ploča Upsetter Record Shop, gdje nisu samo prodavani posljednji singlovi već je i tijekom cijelog dana puštana glazba. Prodavnica je služila kao Perryeva baza, imala je i sobu za probe. Popularnost mu je uskoro omogućila da financira emisiju na JBC, gdje je DJ Winston "The Whip" Williams puštao singlove The Upsettersa.

Perry navodno nije želio raditi s pjevačima, koncentrirao se na ubitačne instrumentale, međutim bilo je teško odbiti suradnju s Marleyem. Za Marleyeve nevolje Perry je okrivio zle duhove ("duppy") i tako je nastala pjesma "Duppy Conqueror". Bobov senzibilitet i Perryev osjećaj za eksperimentiranje stvorili su fantastičnu kombinaciju, prekretnicu ne samo u njihovim karijerama, već i u povijesti reggaea. Njihova suradnja je trajala nekoliko godina i iz nje je izlazio veliki broj hitova, međutim bilo je jasno da između dvije tako snažne individue mora doći do sukoba. Od 1971. godine Marley sve češće kritizira Perrya da mu sputava stvaralačku slobodu, Perry s druge strane nastavlja uzimati najveći dio honorara. Konačno 1973. godine Wailersi napuštaju Perrya i potpisuju za Island Records. Perry je nastavio sa svojim glazbenim eksperimentima - dvadeset godina prije nego što je izraz alternativna glazba ušao u upotrebu, Perry je koristio pucnje iz pištolja, lomnjavu stakla, puštao trake unazad. Godine 1974. izgradio je svoj studio Black Ark, na mjestu gdje je u snu čuo glazbu. Koristio je skromnu opremu, ali je to vješto nadoknadio svojim talentom. Producenti i danas koriste bezbrojne trikove koje je Perry izmislio da bi nadoknadio manjak opreme. To su bile godine suradnje s Max Romeom, Junior Marvinom, The Heptonsima... Stvari su se postepeno zagrijavale u Perryevom studiju, kao i politička klima na Jamajci. Dvije suprotstavljene političke strane Jamajke imale su dugu tradiciju rješavanja nesporazuma na ulicama Kingstona. Pjesme sa socijalnim porukama, kao što su Max Romeoov "War In A Babylon" ili Perryev "City To Hot" dobro su odražavale trenutno stanje, ali su mu donijele i nevolje; Perryev studio je ubrzo postao meta lokalnim gangsterima. Atmosfera se zagrijavala, Perry je postao fizički i psihički iscrpljen, i žena ga je ubrzo napustila i odvela djecu sa sobom. Bio je spreman kročiti u ludilo. Počeo je vandalizirati vlastiti studio, ispisuje grafite i lomi ploče. Novinari su dolazili ga vidjeti kako jede novac i pali svoje snimke.

Godine 1981. Lee Perry napušta Jamajku i odlazi u New York, gdje nastupa sa bendovima The Terrorists i The Majestics. Vratio se na Jamajku i izgledalo je kao da se oporavio. Međutim, katastrofa ga je čekala iza ugla - jednog jutra 1983. godine Black Ark studio je spaljen do temelja. "Bio je previše crn. Morao sam ga uništiti da bih sačuvao razum. Htio me je pojesti!" bile su Perryeve riječi. Godine 1984. susreće Neil Frasera, poznatijeg pod pseudonimom Mad Professor i započinje dugogodišnju producentsku suradnju, koja traje do danas. Radeći u Londonu započeo je suradnju i s producentom Adrian Sherwoodom i njegovim studijskim bendom Dub Syndicate. Godine 1989. Lee Perry se seli u Švicarsku sa svojom novom ženom, koja mu postaje i menadžer. Započinje gradnju svog novog studija, koji naziva White Ark. Devedesete su označile povratak Perryeve slave, kroz rad s Beastie Boysima, velikim turnejama i reizdanjima njegovih legendarnih albuma.

I u početkom dvijetisućitih gospodin Perry ubire plodove svog rada, Godine 2003. Perry je osvojio Grammy s albumom "Jamaican E.T.", a 2004. magazin Rolling Stone rangirao je Perrya na njihov popis od 100 najvećih umjetnika svih vremena. Udružio se Perry s grupom švicarskih glazbenika i nastupao pod imenom Lee Perry & White Belly Rats, te je 2006. i 2007. krenuo u turneju po Sjedinjenim Državama. O njegovom životu i djelu snimali su se filmovi: Lee Scratch Perry's Vision of Paradise Volkera Schanera koji se sniman čak 15 godina i The Upsetter kojeg potpisuju Ethan Higbee i Adam Bhala Lough.

Lee Scratch Perry je čovjek kojem nema kraja: 2006. godine zove američkog producenta i multiinstrumetalista Andrew W.K.-a na suradnju na albumu "Repentance" koji je objavljen 2008. za Narnack Records, a na njemu su sudjelovali Moby, Ari Up, Don Fleming, Chippendale i Josh Werner... Snima i 2011. godine album "Rise Again" s basistom i producentom Billom Laswellom, a na njemu gostuju Tunde Adebimpe, Sly Dunbar i Bernie Worrell, a objavljen je na Laswellovom M.O.D. Technologies labelu. Treba spomenuti da između 2007. i 2010. godine Perry je snimio tri albuma s britanskim producentom Steveom Marshallom, a snimio je i 2008. Perry s Adrianom Sherwoodom album "The Mighty Upsetter". Albumi "End Of An American Dream" (2008.) i "Revelation" (2010.), dobili su Grammy nominacije u kategoriji Best Reggae Album no ne i samu nagradu.

Godine 2009. Perry je surađivao s Dubblestandartom na njihovom dvostrukom albumu "Return from Planet Dub", a zahvaljujući Dubblestandartu i Subatomic Sound Systemu Perry je počeo koketirati i s dubstepom što je zabilježeno na 12" vinilu "Iron Devil". S The Orbom izbacio je dva albuma; "The Orbserver in the Star House" (2012.) i "More Tales from the Orbservatory" (2013.), a singl "Golden Clouds" s albuma "The Orbserver in the Star House" nazvan je po povijesnoj imovini koja se nalazi u blizini Perryevog rodnog grada na Jamajci. Njegova mjuza se koristila u video igricama The Blue Ark i Grand Theft Auto V, a za svoj životni rad i djelo dobio je pregršt medalja i odličja. Perry je imao svoju prvu samostalnu umjetničku izložbu 2010. godine u Galeriji umjetnosti Dem Passwords u Los Angelesu u Kaliforniji. 

Album "Back on the Controls" iz 2014. godine je dobio nagradu Grammy, a album "The Super Ape Strikes Again" bio je miksan u Last Ark Studio u Belgiji koristeći kombinaciju vintage opreme i moderne tehnike snimanja. No Perry se vraća sa "Super Ape Returns to Conquer" kojeg je snimio s Subatomic Sound Systemom 2017. godine, a 2018. godine kreće na turneju s neuništivim Mad Professorom. 

Perry trenutno živi u Švicarskoj sa suprugom Mireille i dvoje djece. Godine 2015. povijest se ponavlja; njegov studio Secret Laboratory, oštećen je požarom koji je također uništio njegove kostime i neobjavljene snimke. Perry danas ima 82 godine, a kako stvari stoje, ne nazire mu se kraj.